Prototype

Schauplatz des Spiels ist New York City im Jahre 2009. Hauptcharakter Alex Mercer wacht in dem Genlabor "Gentek" auf, welches, wie sich im Laufe des Spieles herausstellt, in eine Verschwörung verwickelt ist. Er kann sich an seine Vergangenheit nicht mehr erinnern, jedoch scheint er über übermenschliche Kräfte zu verfügen. Nun sinnt er nach Rache an den Leuten, die sein Leben zerstört haben. Während seiner Flucht aus dem Labor erfährt er, dass er die Fähigkeit besitzt, Menschen und somit ihre Erinnerungen und das Aussehen in sich aufzunehmen. Indem er mehr Menschen konsumiert, findet er mehr über seine Vergangenheit heraus und erfährt, dass er Marionette einer Verschwörung ist. Unterdessen breitet sich in der Stadt eine merkwürdige Infektion aus, die Menschen in Zombies verwandelt. Das Spiel wird nun in Tagen erzählt, mit jedem weiteren Tag ist eine größere Prozentzahl aller Einwohner infiziert. Auf der Suche nach seiner Vergangenheit bekommt er unter anderem Hilfe von seiner Schwester und eines Arztes. Den Feind stellt das US-amerikanische Militär, insbesondere eine Gestalt namens The Specialist dar. Je mehr Alex' Erinnerung zurückkehrt, desto mehrere Fähigkeiten kehren zurück. So kann er seine Arme beispielsweise in riesige, krallenbesetzte Klauen, ein Schwert, eine Art Peitsche oder schwere Vorschlaghämmer verwandeln.
Im Laufe des Spiels stellt sich heraus, dass der Virus, der New York City in Panik versetzt, dem Miltär schon länger bekannt ist. Ein Test des Virus in der Kleinstadt Hope in Idaho geriet außer Kontrolle, weswegen das Militär entschloss, die Stadt zu sprengen und aus der Landkarte zu radieren. Alex erfährt durch das Verschlingen wichtiger militärischer Kommandanten viel über sein Vorleben: Er arbeitete bei Gentek und kam hinter das streng geheime Militärprojekt in Hope. Als er den Chef von Gentek zur Rede stellte, wurde er vom Militär erschossen, ließ dabei ein Reagenzglas fallen, das den Virus enthielt und startete somit die Infektion. Dabei vermischte sich die DNS des Virus mit der Mercers und ließ ihn mit seinen übermenschlichen Kräften wieder auferstehen. Als die Infektion auch in New York immer unberechenbarer wird, beschließt das Militär, Manhattan ebenfalls zu sprengen. Mercer infiltriert jedoch die Militärbasis, in der die Bombe untergebracht ist und bringt sie an einen sicheren Ort.