Handlung
Der Ingenieur Isaac Clarke ist mit dem Reparaturraumschiff USG Kellion auf dem Weg zum Bergbau-Raumschiff USG Ishimura, um deren Kommunikationsanlagen zu reparieren, da der Kontakt zur Ishimura abgebrochen ist. Kurz vor der Ankunft fällt der Besatzung der Kellion auf, dass an Bord der Ishimura keinerlei Beleuchtung eingeschaltet ist. Der Landeanflug per automatischem Magnetleitstrahl geht schief und die Kellion wird schwer beschädigt.
Nun geht es darum, die Kellion zu reparieren und herauszufinden, warum die Besatzung der Ishimura nicht aufzufinden ist. Der Plan gestaltet sich allerdings schwierig, denn gleich im Ankunftsraum wird die fünfköpfige Gruppe getrennt und beide Piloten von einem Nekromorphen getötet. Isaac und die anderen drei müssen sich von nun an getrennt durch die Ishimura bewegen.
Anfangs wird noch an eine schnelle Flucht geglaubt. Isaac versucht, die beschädigte Kellion neu zu starten, um sie für einen Start vorzubereiten, doch das Betätigen des Schalters führt nur zur endgültigen Zerstörung der Kellion.
Da vorerst eine Flucht ausgeschlossen ist, gilt es für das Team nun herauszufinden, was an Bord der Ishimura passiert ist. Hierfür sammelt Isaac auf der Krankenstation den Rig des Captains ein, eine Art Körperimplantat, das Erlebnisse des Trägers aufzeichnet. Außerdem findet Isaac viele Ton- und Textaufzeichnungen, die die vergangenen Ereignisse erzählen.
Die schlimmen Ereignisse begannen, nachdem in der Bergbaukolonie auf Aegis VII der sog. Rote Marker gefunden wurde. Zuerst glaubten alle Minenarbeiter an ein ausserirdisches Artefakt. 200 Jahre zuvor wurde auf der Erde ein ähnliches Artefakt gefunden, woraufhin sich die Unitologen-Sekte gründete, um das Artefakt anzubeten. Die Unitologen gewannen schnell viel wirtschaftlichen und politischen Einfluss. Der Rote Marker sendet breitbandige (EM-) Wellen aus, die physischen und psychischen Einfluss auf lebendes Gewebe haben. Dies ging soweit, dass die betenden Unitologen-Anhänger auf Aegis VII kollektiven Selbstmord begangen. Daraufhin werden der Rote Marker und ein großer Teil der Leichen auf die Ishimura gebracht. Doch das ist nicht alles, denn die Leichen auf Aegis VII bleiben nicht tot, sondern verwandeln sich in die bereits bekannten Nekromorphen. Diese können wie die (EM-) Wellen, nur viel schneller, Leichen in Nekomorphen verwandeln.
Ein noch lebender Minenarbeiter flieht an Bord eines Shuttles mit der Leiche seiner Freundin auf die Ishimura. Trotz Landeverbot schafft er es in den Hangar, wird jedoch von seiner nun in einen Nekromorphen verwandelten Freundin getötet. Das Unglück nimmt seinen Lauf ...
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